微信小程序发送通知消息给用户的方式主要依赖于微信提供的消息推送功能，包括模板消息、订阅消息、和小程序客服信息这三种。

模板消息：适用于用户在小程序内完成某些操作后，需要立即通知用户的场景。
订阅消息：适用于用户主动订阅某些消息，且希望在特定条件下接收通知的场景。
小程序客服消息：适用用于回复用户的咨询或者主动向用户推送一些和用户咨询相关的信息。

一、模板消息
前提条件
用户需要在小程序内有相关的交互行为，例如完成支付、提交表单等操作，触发小程序获取发送模板消息的权限。小程序需要先申请模板消息的模板，模板内容需要经过微信审核，审核通过后才能使用。
配置步骤
在微信公众平台的小程序后台，找到 “功能 - 模板消息” 选项。在这里可以添加模板库中的模板，选择符合小程序业务场景的模板，如订单支付成功通知、活动提醒等。
模板中包含了一些固定的参数，如 “{{first.DATA}}”“{{keyword1.DATA}}” 等，这些参数在发送消息时需要替换为实际的内容。
发送流程
当小程序后端服务器获取到发送权限后，通过调用微信小程序的消息发送接口（通常使用服务器端语言如 Node.js、Python 等），按照接口要求组装数据，包括用户的 openid（用于唯一标识用户）、模板 ID、模板参数等信息，发送 POST 请求到微信服务器的消息发送接口。

二、订阅消息
用户授权
与模板消息不同，订阅消息需要用户主动授权接收。小程序可以在合适的场景下（如用户首次使用小程序、某个功能需要消息提醒时）弹出订阅消息授权框，引导用户授权。在小程序代码中，可以使用wx.requestSubscribeMessage方法来请求用户授权，其中SUBSCRIBE_TEMPLATE_ID是订阅消息的模板 ID，用户授权后，小程序就可以在合适的时机发送订阅消息。
发送消息
发送订阅消息的接口和模板消息类似，但在权限获取方式上有所不同。在小程序后端，同样需要组装数据发送 POST 请求到微信服务器的订阅消息发送接口。

三、客服消息
场景和权限获取
当用户在小程序内向客服发送消息咨询后，小程序客服可以在一定时间内（一般是 48 小时）向该用户发送客服消息。这种消息主要用于回复用户的咨询或者主动向用户推送一些和用户咨询相关的信息。
发送方式
小程序客服可以通过客服工具（如微信公众平台提供的客服消息界面）手动发送消息，也可以通过小程序后端服务器调用客服消息发送接口发送消息。如果是通过后端服务器发送，同样需要使用用户的 openid 和接口调用凭证（access_token），组装消息内容（如文本消息、图片消息、链接消息等）发送到微信的客服消息发送接口。

在使用这三种种消息推送方式时，开发者需要遵守微信平台的相关规定，确保内容的合法性和合规性，并优化消息通知的策略，提高消息的点击率和转化率。